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维奈克拉副作用包括：3~4级中性粒细胞减少症、严重的感染，以及胃肠道副反应。
当维奈克拉与抗CD20抗体组合使用时，患者3~4级的中性粒细胞减少症的发生率可高达60%；而与BTK抑制剂合用时则高达70%。
应对方法：通过使用粒细胞集落刺激因子（G-CSF）、维奈克拉的剂量中断或减少后大部分患者的上述副反应可以得到有效解决。
严重副作用之严重致命性败血症在内的严重感染。因此当患者在使用维奈克拉治疗期间出现感染迹象时，必须进行尽快明确原因并及时采取有效措施。
副作用之胃肠道副作用，出现轻度腹泻和恶心的比例达40%，对症治疗即可。
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